2021年台灣多個動保團體以「澎湖縣、嘉義縣、彰化縣三縣市長期漠視公立動物收容所環境惡劣」為由，向監察機構提檢舉案，經過監察委員田秋堇歷時半年多的調查，3縣市過失不大，反倒是作為動保行政最高主管機關的「農委會」被查到了一堆弊病，遭到監察委員的指責，要求改正。
2022年7月公布的調查結果，指出「農委會」對流浪狗問題的處置不當，可分為4大部分 :
- 每年編列龐大經費處理流浪狗問題，卻沒有做到源頭管理，寵物登記制度實行近30年仍未落實，致使遊蕩犬隻不減反增，至今已逾15萬隻。
依據田秋堇的調查數據，「農委會」2021年編列的動物保護業務經費，就高達4億1,406萬元，其中2億3,473萬用於改善公立收容所設施，但是全台公立收容所的總收容量僅8064隻，和流浪狗的數量不成比例，必須請民間收容所協助紓解，因此動保機關也有必要了解和管理民間收容所的品質。寵物登記制實施超過20年，《動保法》明定未替寵物做登記的飼主，最高可罰款15,000元，多年來卻少有查緝和開罰的作為，令寵物登記成為空談，也難防堵棄養等問題。
- 對於合法繁殖場的狗隻數量無法確實掌控，對不法繁殖場未積極查緝杜絕。
截至2021年底，全台繁殖業者共有1236家，繁殖用的公狗為2547隻、母狗為10,013隻，但因沒有申報紀錄，所以銷售掉的狗隻流向不明，而從新增的寵物登記數量比對，顯然還有很大的黑數。因此期望「農委會」盡早改善寵物業管理系統，讓繁殖和買賣紀錄電子化，並有系統自動偵測違法樣態的通報功能。
- 部分公立收容所長期不依法給予重傷病的收容動物安乐死，讓牠們承受極大痛苦，嚴重違反動物福利。
實施「零撲殺」制度之後，公立收容所獸醫師對於宰殺狗隻有極大的心理壓力，以致在面對重病、重傷的狗時，也不施予正當的安樂死，任令狗隻痛苦的自然死亡。監察委員認為是「農委會」沒有對收容所獸醫師、媒體及大眾進行相關宣導的結果。
- 對於公立動物收容所的評鑑僅採書面審查，未曾到現場查核，以致不能發現收容所的真實缺失。
因為對公立收容所的評鑑方式有偏失，少了實地查核，致使對動物的照護管理、環境清潔等狀況，缺乏真實了解，再加上評鑑制度採取鼓勵制，只敘獎而沒有檢討改進措施，難以提升未達標準的縣市。
編按：
監察機構的責難雖然不具實際效力，但仍盼「農委會」知錯能改，在有望升級為「農業部」之前，先完善職責。