2021年台湾多个动保团体以「澎湖县、嘉义县、彰化县三县市长期漠视公立动物收容所环境恶劣」为由，向监察机构提检举案，经过监察委员田秋堇历时半年多的调查，3县市过失不大，反倒是作为动保行政最高主管机关的「农委会」被查到了一堆弊病，遭到监察委员的指责，要求改正。
2022年7月公布的调查结果，指出「农委会」对流浪狗问题的处置不当，可分为4大部分 :
- 每年编列庞大经费处理流浪狗问题，却没有做到源头管理，宠物登记制度实行近30年仍未落实，致使游荡犬隻不减反增，至今已逾15万隻。
依据田秋堇的调查数据，「农委会」2021年编列的动物保护业务经费，就高达4亿1,406万元，其中2亿3,473万用于改善公立收容所设施，但是全台公立收容所的总收容量仅8064隻，和流浪狗的数量不成比例，必须请民间收容所协助纾解，因此动保机关也有必要了解和管理民间收容所的品质。宠物登记制实施超过20年，《动保法》明定未替宠物做登记的饲主，最高可罚款15,000元，多年来却少有查缉和开罚的作为，令宠物登记成为空谈，也难防堵弃养等问题。
- 对于合法繁殖场的狗隻数量无法确实掌控，对不法繁殖场未积极查缉杜绝。
截至2021年底，全台繁殖业者共有1236家，繁殖用的公狗为2547隻、母狗为10,013隻，但因没有申报纪录，所以销售掉的狗隻流向不明，而从新增的宠物登记数量比对，显然还有很大的黑数。因此期望「农委会」尽早改善宠物业管理系统，让繁殖和买卖纪录电子化，并有系统自动侦测违法样态的通报功能。
- 部分公立收容所长期不依法给予重伤病的收容动物安乐死，让牠们承受极大痛苦，严重违反动物福利。
实施「零扑杀」制度之后，公立收容所兽医师对于宰杀狗隻有极大的心理压力，以致在面对重病、重伤的狗时，也不施予正当的安乐死，任令狗隻痛苦的自然死亡。监察委员认为是「农委会」没有对收容所兽医师、媒体及大众进行相关宣导的结果。
- 对于公立动物收容所的评鑑仅採书面审查，未曾到现场查核，以致不能发现收容所的真实缺失。
因为对公立收容所的评鑑方式有偏失，少了实地查核，致使对动物的照护管理、环境清洁等状况，缺乏真实了解，再加上评鑑制度採取鼓励制，只叙奖而没有检讨改进措施，难以提升未达标准的县市。
编按：
监察机构的责难虽然不具实际效力，但仍盼「农委会」知错能改，在有望升级为「农业部」之前，先完善职责。