2023年5月16日台灣三讀通過《農業部組織法案》，讓農委會升級為農業部，消息傳出，許多動保團體鼓掌叫好，為何如此 ?原來農委會是動物保護的最高行政機關，隨著農委會升級為農業部，大家期待的「動物保護司」也終於誕生了!

自1998年《動物保護法》制定之後，台灣民眾的動保觀念進步快速，相形之下，官方的動物保護行政業務則進展緩慢，細究原因，設置於農委會畜牧處之下的動物保護科，位階過低，獲得的人力配置和預算編列都極有限，此外，畜牧處管理的是經濟動物，和以提升動物福利為目標的動保業務大相逕庭，不免讓一些激進的動保人士嘲諷為「用殺豬羊的思維來做動保」。

民意逐漸匯聚為「動保要做好，專責機關不可少」的呼聲，2011年明確要求成立動物保護司做為專責機關，愛護動物人士並組成「催生動保司行動聯盟」，由以愛狗聞名的作家朱天心擔任召集人，成員包括關懷生命協會、貓狗人共和國、愛兔協會、大學動保社團連線等近70多個動保團體，主要訴求是為過去12年間遭到政府撲殺的96萬多隻狗申冤。

聯盟除了發起一人一信向政府請命的活動外，2011年10月14日更以「苦爬」行動展示決心，包括導演、大學生在內的參與民眾爬行了30公尺，促請政府回應。

值得一提的是這項行動也獲得了國際友人的聲援，2012年5月國際連署網站平台care2上，由外國朋友發起主題為Taiwan: Form a Separate Animal Protections Agency!的連署，要求台灣設立獨立的動物保護機關(署或司)；2012年6月亞洲善待動物組織(PETA Asia)也發出陳情信給農委會，說明畜產和動保分立的重要性。

在政府明確回應由農委會負責規畫之後，成立動物保護司成為朝野共識，只是這涉及到政府的組織再造工程，並須經過立法程序，因而從2011年一直拖到2023年才終於實現。

農委會在《農業部組織法案》三讀後，特別說明動物保護司未來的工作重點，將是從寵物的出生到死亡都會嚴謹管理，包含加重飼主責任等；並提升經濟動物、實驗動物的動物福利，以符合歐盟推動的相關規範。